現在、FCPXで直接チャプターマーカーをつけたり、マーカーをチャプターマーカーに変換することは出来ません。Compressor内でマーカーを作成することは出来ますが、他の手順でチャプターマーカーを作成する方法を探ります。
QuicktimeのチャプターはTextトラックで出来ている。
チャプターはQuicktime内ではTextトラックとして存在しています。このTextトラックはチャプター以外にも字幕としても使用することができます。残念ながらQuicktimeXではテキストトラックを直接操作することが出来ません。Quicktime Player 7を使用することになります。
Chapter.txtをプレーンテキストで作成する。
Chapter.txtを作成しChapter1、Chapter2、Chapter3と入力します。
Quicktime Player7でChapter.txtを読み込みます。（QuicktimeXではテキストデータは読めません。）書き出しからテキストからテキストで書き出し（オプションで1/100秒を選択します。）保存します。
Quicktime Player7で保存されたテキストファイルを開きChapterのタイムコードを追加編集し（全てを選択して）コピーして、目的のムービーに（全てを選択して）追加をします。「ムービーのプロパティを表示」からビデオトラックを選択し、その他の設定からチャプターをテキストトラックに変更します。テキストトラックの使用可能のチェックボタンを外し、別名で保存します。
Final Cut Pro Xは書き出し時にタイムコードトラックを持っている。
タイムスケールを1/100秒にする理由は、タイムコードトラックが無い場合Quicktime Player 7でのフレームタイムコード表示が1/100秒単位になるからです。 Quicktime Player 7の「書き出し」ではタイムコードトラックは破棄されます。（保存や別名で保存の場合は維持されます。）FCPXでは「メディアを書き出す」からのムービー書き出しは全てタイムコードトラックを持った形式で保存されます。（H264でも同様です）
Quicktime Xではチャプターで再生が出来る
テキストトラックでチャプター指定のしてあるムービーはQuicktimeXでチャプターの指定が出来ます。 また、メニューの表示＞チャプターを表示で各チャプターを拡大表示できます。
ツールを利用する。
テキストトラックを直接操作するには時間と手間がかかります。そこでマーキングに外部ツールを利用します。外部ツールを利用するため一度ムービー化してから操作する必要があります。
QTMarker
チャプターマーカーを作成するための専用ツールです。ビュアーを使用しチャプターを作成および修正ができます。Quicktime7を必要としwmvはFlip4mac、flvはPerianを使用することで読み込むことが出来ます。1ライセンス2000円です。
動画、音声ファイルのチャプタマーカー編集 – QTMarker – Tranquillity Base
これらの方法で作成したチャプターはCompressorで読むことは出来ません。Compressorで読み込む場合はプレーンテキストで、TC+チャプター名で保存されたテキストしか読めません。（日本語のチャプター名は文字化けします。）
FCPXMLからCompressorのマーカーに
マーカーコンバーター
GitHubでKevin Rockwoodさんがソースを公開してくれています。FCPXMLからマーカー部分を抽出しCompressorにインポートできるようになります。まだ開発中でTCスタートを読み込んでないらしく00HになってしまいますがFCPXML＞マーカーコンバーター＞Compressorとスムーズに連携できるようになります。（日本語チャプター名は文字化けしますのでマーカー名を英語にしたほうが良いと思われます。）
rockwood/fcpx-Marker-Converter · GitHub
